会议的主题是：高举邓小平理论伟大旗帜，贯彻党的十五大精神和中央有关部署，按照以“讲学习、讲政治、讲正气”为主要内容的党性党风教育的要求，进一步加强和改进党对高校工作的领导，加强高校思想政治工作队伍建设，加强教师思想政治工作，加强各项德育工作措施的落实，为全面贯彻落实全国教育工作会议精神，推进高校的改革和发展而努力。
中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清出席会议开幕式并作了题为《面向21世纪，进一步加强高等学校党的建设工作》的重要讲话。李岚清在讲话中指出，新的形势和任务对高校党建和思想政治工作提出了新的要求，必须从实现跨世纪宏伟目标，实施科教兴国的战略高度，从提高大学生的综合素质，使他们成为德、智、体、美全面发展的社会主义事业的建设者和接班人的战略高度，从战胜西方敌对势力对我实施“西化”、“分化”图谋的战略高度，从实现社会主义现代化的战略高度，充分认识加强高校党建和思想政治工作的重要性和紧迫性，更加自觉地做好高校党建和思想政治工作。要进一步搞好用邓小平理论武装师生的工作。要提倡启发式、研讨式的生动活泼的教学方法，引导师生用邓小平理论分析当前国内外形势，并得出正确的结论。要进一步研究新形势带来的新情况、解决新问题，更加重视做好师生的思想政治工作，把广大师生的思想统一到中央的路线、方针、政策上来，把力量凝聚到为实施科教兴国战略，推进高等教育改革和发展上来。要进一步加强党务和思想政治工作干部队伍建设，加强共青团、学生会、研究生会的工作和学生骨干队伍的建设。加强高校党建关键是加强领导班子建设，当前最主要的是深入开展“三讲”教育。要注意从高校的实际出发，把开展“三讲”教育、提高干部素质与推进当前高校的各项工作结合起来，促进高校的改革和发展。
教育部党组书记、部长陈至立代表中央组织部、中央宣传部和中共教育部党组，作了题为《按照“三讲”要求，加强高校党建工作，为高等教育事业的改革和发展提供坚强的政治保证》的报告。中宣部副部长白克明作了会议总结。
陈至立在报告中从四个方面总结了一年来高校党建工作取得的新进展：一是牢牢把握高校党建工作的灵魂，坚持用马列主义、毛泽东思想特别是邓小平理论武装高校广大党员和师生；二是牢牢把握高校的各项工作，推进高校的改革和发展，切实维护高校的稳定；三是牢牢把握高校党建工作的根本，不断加强高校各级党组织的自身建设和党员队伍建设；四是牢牢把握高等教育改革和发展的实际，不断加强和改善学校的思想政治工作。陈至立在报告中强调，要认真学习贯彻江泽民总书记在全国教育工作会议上关于“思想政治教育，在各级各类学校都要摆在重要地位，任何时候都不能放松和削弱。思想政治素质是最重要的素质”的重要讲话，要更加重视德育，切实加强高校思想政治工作。当前要着重抓好几个方面的工作：不断深化邓小平理论“三进”工作，全面实施“两课”课程设置新方案，大力加强“两课”教师队伍建设，引导学生树立正确的世界观、人生观、价值观，学会运用马克思主义的立场、观点、方法去观察和分析问题，提高分辨和分析各种错误政治理论观点和思想文化思潮的能力，自觉抵制各种腐朽思想文化的影响，坚持进行爱国主义、集体主义、社会主义教育；研究新情况和新问题，拓宽德育和思想政治工作的路子，进一步提高工作的针对性和实效；进一步加强教师队伍的思想政治建设，进一步加强党的基层组织建设，充分发挥党总支、党支部在教师队伍建设中的作用；进一步加强高校党务和思想政治工作队伍建设；正确分析形势，保持清醒头脑，主动、深入、扎实地做好各项工作，确保高校的持续稳定。
会议期间，北京市委教育工委、上海市教育党委和清华大学、中国人民大学、山东大学党委在大会上作了加强党建工作和思想政治工作及开展“三讲”教育试点工作的经验介绍。
参加这次会议的有各省、自治区、直辖市分管教育工作的负责同志及党委组织部门、宣传部门、教育行政部门的负责同志，全国100多所高校党委书记和部分高校的校长，中央、国务院有关部委教育部门的负责同志。
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